Katolske misjonærer kom til Japan i 1549. Mange ble døpt de første tiårene. Men de kristne ble tidlig forfulgt, og kristendommen ble forbudt for en periode på vel 300 år. I 1853 ble Japan, etter militært påtrykk fra USA, åpnet for utenomverdenen, og de første protestantiske misjonærene kom i 1859. I 1873 ble dødsstraffen mot kristne opphevet, og katolsk misjon, særlig i de tidligere kristne områdene, hadde stor framgang. Protestantisk misjon plantet menigheter over store deler av Japan.
Norske misjonærer kom til landet etter krigen, på slutten av førtitallet, som følge av revolusjonen i Kina. Frikirken kom i 1950, og begynte sitt arbeid i 1951, i Matsusaka i Mie fylke, øst for Kobe-Osaka-området. Misjonsarbeidet ga gode resultater i en periode med åpenhet etter krigen.
Fra begynnelsen samarbeidet Frikirken med Norsk Luthersk Misjonssamband, som først startet misjonsarbeid i Japan av de norske, og siden med Det Norske Misjonsselskap (NMS). I 1961 ble Kinki Evangelisk Lutherske Kirke etablert av de ti menighetene som var et resultat av Frikirken og NMS sitt arbeid. Kinki er navnet på det geografiske området kirken omfatter.